Awal keinginan Gereja Kalimantan Evangelis (GKE) untuk berkiprah dibidang pendidikan tinggi diwacanakan dan diputuskan dalam Sidang Umum Sinode GKE XVI tanggal 24 – 29 November 1984 di Palangka Raya. Sebagai tindak lanjut dari Keputusan Sinode XVI tersebut, Badan Pekerja Harian Majelis Sinode GKE membentuk Yayasan Perguruan Tinggi Kristen Eka Sinta GKE (YPTKES-GKE) yang berkedudukan di Palangka Raya dengan Surat Keputusan BPH-MS GKE Nomor : 86/MSGKE/Kep/4/84, tanggal 24 April 1985, yang dikukuhkan dengan Akte Notaris Nomor 3 tanggal 6 Oktober 1985. Diperbaharui dengan Akta Notaris Nomor 28 tanggal 21 Januari 2014 dan Surat Keputusan Menkumham Nomor : AHU-3190.AH.01.04 tanggal 27 Juni 2014 sebagai salah satu syarat pengajuan tenaga pengajar dari luar negeri. Pada saat itu yayasan mempunyai tugas utama adalah :

1. Menyusun perangkat Institut Agama Kristen Eka Sinta (IAKES) yang dulunya Akademi Theologia Cabang Palangka Raya dan pada tanggal 16 Desember 1985, IAKES diresmikan oleh Dirjen Bimbingan Masyarakat (Kristen) Protestan Departemen Agama RI dan Ketua Yayasan melantik Rektor dan para Pembantu Rektor. IAKES memperoleh status terdaftar pada bulan April 1986.
2. Mendirikan Universitas Kristen. Menyusun studi kelayakan dan kajian mendirikan Universitas Kristen Palangka Raya (UKPR) dan pendirian UKPR ditetapkan Keputusan YPTKES Nomor 161/YPTKES/I-a/87 tanggal 18 Mei 1987 dan peresmiannya pada tanggal 4 September 1987 oleh Gubenur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Tengah (Gatot Amrih, SH) dan saat itu juga Ketua Yayasan melantik Rektor dan Pembantu Rektor, dan selanjutnya memperoleh status terdaftar berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor : 0217/0/1990 tanggal 9 Maret 1990. Penerimaan mahasiswa mulai tahun ajaran 1987/1988. 

Dengan demikian pada awalnya yayasan membina 2 (dua) Perguruan Tinggi yaitu IAKES dan UKPR. Namun sesuai dengan Surat Keputusan YPTKES Nomor 0146/Pend-1/YPTKES/I-1/1993, IAKES diintegralkan dengan UKPR dan mendapat status terdaftar dari Departemen Agama RI sesuai dengan Surat Keputusan Dirjen Bimas Kristen Protestan Nomor 32 tanggal 27 April 1995 menjadi Fakultas Theologi, Jurusan Pendidikan Agama Kristen (PAK). Dalam rangka meningkatkan operasional dan otonomi UKPR, pada bulan Oktober tahun 2001, antara Ketua Yayasan dan Rektor UKPR membuat Statuta Universitas Kristen Palangka Raya sehingga sejak itu UKPR mempunyai wewenang penuh menjalankan proses belajar/akademik, pelayanan akademik, serta faktor/kegiatan penunjang lainnya.