Misi Universitas Kristen Palangka Raya adalah sebagai berikut:

1. Membangun UKPR sebagai center for academic reform dalam nuansa moderasi Religius dan ilmiah dengan distingsi metodologi saling menopang dan berbagi kasih.
2. Menggerakkan partisipasi dosen dan mahasiswa dalam berbagai riset, kecendekiaan, dan kerjasama keilmiahan dengan berbagai pihak pada level nasional dan bahkan jika memungkinkan pada level internasional.
3. Membangun civitas UKPR ke arah kualitas dan prestasi berkelanjutan (sustainability) yang dilandasi profesionalitas, inovasi, indegenuitas, dan produktivitas, dengan dukungan sarana-prasarana dan kelembagaan kampus berstandar nasional.
4. Menguatkan kinerja tata-kelola (manajerial administratif), dan pelayanan prima berberbasis digital dalam satker yang transparan, akuntabel, berkeadilan, berintegritas dan berkesejahteraan.
5. Mencetak mahasiswa dan alumni yang visioner berjiwa enterpreneur dan problemsolver berbasis kedalaman ilmu, kemahiran profesi (skill), keluhuran moral (supreme morality) dan kearifan spiritual, melalui sistem pembelajaran yang religius kekristenan, moderat,integral, dan bereputasi di era Revolusi Industri 4.0.

1. Melaksanakan dan mengembangkan pendidikan tinggi, yaitu pendidikan akademik dan profesional dalam sejumlah disiplin ilmu pengetahuan, teknologi, dan kesenian. 

2. Melaksanakan penelitian dalam rangka pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan kesenian.

3. Melaksanakan pengabdian kepada masyarakat.

4. Melaksanakan pembinaan sivitas akademika dan hubungannya dengan lingkungan.

5. Melaksanakan kegiatan pelayanan administratif.